Ủy ban nhân dân xã Phú Thuận là cơ quan chấp hành của Hội đồng nhân dân xã, đồng thời là cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương, thực hiện chức năng quản lý nhà nước toàn diện trên địa bàn xã. Cơ cấu tổ chức của Ủy ban nhân dân xã được tổ chức theo quy định tại Luật Tổ chức chính quyền địa phương và các văn bản hướng dẫn thi hành, bao gồm:

I. Lãnh đạo Ủy ban nhân dân xã Phú Thuận

1. Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Phú Thuận

2. Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Phú Thuận, phụ trách kinh tế

3. Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Phú Thuận, phụ trách văn hóa - xã hội

II. Các phòng chuyên môn và đơn vị trực thuộc

1. Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân

2. Phòng Kinh tế

3. Phòng Văn hóa - Xã hội

4. Trung tâm Phục vụ Hành chính công